ubuntu에서 사용하던 R이 library 설치 후 멈추다
문제의 발단
Cloud에 있는 Ubuntu에 R을 설치한 뒤에 Rstudio, Rshiny 서버 버전을 설치해 사용 중이었다.
오랜만에 R에 library를 설치하고 업데이트 했는데, 한참 동안 설치되더니 Rstudio, Rshiny가 모두 작동을 멈추었다.
이유도 원인도 해결책도 전혀 알 수 없었다.
서버를 reboot한 뒤에 터미널에서 R을 실행해 보니 다음과 같은 에러 메시지가 보인다.
GotoBLAS : Architecture Initialization failed. No initialization function found.
몸부림
구글신에게 신탁해 보니 ubuntu에 libatlas3-base를 설치하라는 stack overflow 글을 찾아 주었다.
하지만 설치하려고 했더니 그런 대상이 없다는 메시지만 나온다. 더 찾아보니 libatlas3-base는 ubuntu precise 이후 버전에서 사용되는 페키지란다.
BLAS가 무엇인지 잘은 모르겠지만 precise에서는 libopenblas가 그 역할을 한단다. libopenblas-base와 libopenblas-dev를 다시 설치해 보았으나 이미 최신 버전이라는 메시지만 나온다.
이 상태로 한 참 r-base, r-base-dev, r-base-core를 지웠다 다시 설치했다 하는 작업을 반복했다.
어느정도 해결
에러 메시지로 보았을 때 R 자체의 문제가 아니라 BLAS라는 놈의 문제인 것은 확실한 것 같았다.
그래서 반대로 libopenblas를 지워볼까 이런 생각이 들었다.
sudo apt-get remove --purge libopenblas-base libopenblas-dev
위와 같이 해당 페키지를 지웠더니 terminal에서 일단 R은 실행 되었다.
사실 앞의 stackoverflow 글에서 아래와 같은 답변이 있어 그대로 해 보았지만 효과가 없었었다.
sudo apt-get purge libopenblas-dev
apt-get 사용법이 달라서였던가 libopenblas-dev가 남아 있어서 였던가 …. linux는 어렵다.
R을 다시 설치했기 때문에 설정도 바꾸어 줘야 했다.
linux의 경우 library를 sudo로 설치하면 권한 문제가 생기기 쉽다. 그래서 아예 home 아래 설치하는 것을 나는 선호한다.
library path는 R 환경에서 다음과 같이 바꾼다.
# change default library path
.libPaths("/path/to/directory/with/libraries")
참고로 library repository 설정 방법은 아래와 같다.
# change library repository
options(repos='http://cran.rstudio.com/')
R이 복구되고 Rstudio는 정상화 되었지만 shiny는 실행되지 않았다.
최신 버전을 다시 설치해 보니 실행 될 때 아래 오류가 뜨면서 멈췄다.
version `GLIBCXX_3.4.18' not found
구글신께 신탁해 보아 겨우 아래와 같이 의존성 패키지 상위버전을 설치한 뒤에 해결할 수 있었다.
sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/test
sudo apt-get update
sudo apt-get install libstdc++6-4.7-dev
shiny server 실행은 shiny-server start으로, 상태 확인은 service shiny-server status으로 가능하다.
